Dérogation espèces protégées : le Conseil d'Etat affine son analyse

En décembre 2015, la société Ferme éolienne des Grands Clos a sollicité l'autorisation d'exploiter un parc éolien de cinq aérogénérateurs sur le territoire de deux communes de Dordogne, complétant sa demande en décembre 2016 par une dérogation au titre de la législation sur les espèces protégées. Le préfet de la Dordogne a fait droit à ces deux demandes par des arrêtés d'avril 2021.

L'association de défense du Val de Dronne et de la Double, ainsi que d'autres requérants, ont contesté ces autorisations devant la juridiction administrative.

La cour administrative d'appel de Bordeaux ayant rejeté leurs recours en mars 2024, ils se sont pourvus en cassation. Par une décision du 23 février 2026, le Conseil d'État annule l'arrêt d'appel sur deux points distincts, apportant des précisions importantes tant sur le contrôle des garanties financières de démantèlement que sur la dérogation espèces protégées.

La dérogation espèces protégées et le busard Saint-Martin

Le régime de la dérogation espèces protégées

L'interdiction de détruire ou de perturber les espèces protégées constitue un principe posé par l'article L. 411-1 du code de l'environnement, dont le champ d'application embrasse les sites d'intérêt géologique, les habitats naturels, les espèces animales non domestiques ou végétales non cultivées, ainsi que leurs habitats. La notion de destruction doit être entendue largement, comme englobant toute forme d'altération ou de dégradation.

Le 4° de l'article L. 411-2 du même code ouvre la possibilité de déroger à ce principe, sous trois conditions cumulatives : l'absence de solution alternative satisfaisante, l'absence de nuisance au maintien des populations dans un état de conservation favorable, et la justification du projet par une raison impérative d'intérêt public majeur. La dérogation n'est toutefois nécessaire que si le risque pesant sur les espèces est suffisamment caractérisé, compte tenu des mesures d'évitement et de réduction proposées par le pétitionnaire — lesquelles doivent présenter des garanties d'effectivité suffisantes pour permettre de diminuer réellement ce risque.

Sur ce point, le Conseil d'État avait déjà précisé, dans un avis du 9 décembre 2022 (n° 463563), les conditions cumulatives et successives du déclenchement de l'obligation de déposer une demande de dérogation. Il avait notamment rappelé que la première étape consiste à vérifier la présence de spécimens de l'espèce concernée dans la zone du projet — indépendamment de leur nombre ou de leur état de conservation — avant d'examiner si le risque d'atteinte à leur état de conservation est suffisamment caractérisé au regard des mesures proposées.

Une distinction méthodologique fondamentale : qualification du risque et mesures de réduction

La décision du 23 février 2026 présente une importance particulière pour les rédacteurs d'études d'impact. Le Conseil d'État y impose une rigueur méthodologique qui exige de distinguer soigneusement deux catégories d'éléments :

D'une part, les éléments de fait servant à qualifier le risque brut d'atteinte à l'état de conservation des espèces protégées présentes dans la zone du projet. Ces éléments permettent de mesurer la réalité et l'intensité de l'impact potentiel du projet sur l'espèce concernée.

D'autre part, les mesures d'évitement et de réduction proposées par le pétitionnaire, qui doivent être prises en compte pour apprécier si le risque résiduel demeure suffisamment caractérisé, une fois ces mesures appliquées.

Cette distinction n'est pas seulement formelle : elle conditionne l'ensemble de la démonstration. Un même élément ne peut servir les deux étapes du raisonnement. Si un facteur a déjà été mobilisé pour évaluer le niveau de risque brut, il ne peut être réemployé en tant que mesure de réduction pour atténuer ce même risque.

La qualification juridique erronée

La cour d'appel avait relevé des impacts bruts non négligeables du projet sur le busard Saint-Martin — espèce nichant sur le site et dont l'espace aérien était régulièrement fréquenté — aussi bien en phase de travaux, où le risque de désertion des spécimens avait été qualifié d'assez fort, qu'en phase d'exploitation, avec un impact brut moyen lié au risque de collisions. Elle avait cependant conclu à l'absence de risque suffisamment caractérisé, en s'appuyant notamment sur la capacité observée de cette espèce à se familiariser avec les éoliennes sur d'autres sites.

Le Conseil d'État censure ce raisonnement pour deux motifs distincts.

En premier lieu, la cour avait utilisé l'adaptation comportementale des busards aux éoliennes à double titre : comme donnée intégrée dans la qualification du risque brut au sein de l'étude d'impact, puis comme mesure de réduction atténuant ce même risque. Or, dès lors que cet élément avait déjà été pris en compte pour établir le niveau d'impact brut, il ne pouvait être à nouveau mobilisé pour en réduire la portée. La cour a donc, selon la Haute juridiction, confondu un élément de qualification du risque avec une mesure de réduction.

En second lieu, la cour avait relevé que les impacts résiduels étaient qualifiés de faibles à moyens pour les oiseaux volant entre 50 et 150 mètres d'altitude, sans tirer les conséquences de ce constat. Or il ressortait du dossier que la hauteur de vol usuelle du busard Saint-Martin se situe précisément dans cette fourchette. En se fondant sur la seule catégorie des oiseaux volant en dessous de 50 mètres pour minimiser le risque global, la cour avait écarté sans justification la réalité biologique propre à l'espèce en cause.

Portée pratique

Cet apport présente un intérêt méthodologique majeur pour l'instruction des dossiers éoliens et, plus largement, pour tous les projets soumis à évaluation environnementale. Il rappelle qu'un même facteur atténuant ne peut jouer qu'une seule fois dans la chaîne d'analyse : une donnée comportementale intégrée au stade de l'évaluation du risque brut ne peut être réutilisée pour abaisser le niveau du risque résiduel.

Par ailleurs, la décision souligne que l'analyse du risque résiduel doit être conduite espèce par espèce, en tenant compte des caractéristiques biologiques propres à chacune — notamment leur hauteur de vol habituelle —, et non à partir de catégories génériques susceptibles de masquer la réalité des impacts. Les études d'impact devront ainsi documenter avec précision, pour chaque espèce identifiée, d'une part les paramètres retenus pour qualifier le risque brut, et d'autre part les mesures d'évitement et de réduction effectivement distinctes de ces paramètres, afin d'éviter toute confusion susceptible d'entacher la dérogation espèces protégées d'illégalité.

Conclusion

En annulant l'arrêt de la cour administrative d'appel de Bordeaux notamment sur ce fondement, le Conseil d'État délivre un message cohérent : le juge du plein contentieux des installations classées dispose de pouvoirs étendus pour remédier aux illégalités qu'il constate, mais il doit d'abord les identifier correctement. Une analyse trop permissive du risque pesant sur les espèces protégées ne peut dispenser d'un examen rigoureux de la conformité du projet aux règles substantielles applicables.

Pour les praticiens, la leçon est claire : les études d'impact doivent distinguer avec rigueur les éléments servant à mesurer le risque brut de ceux constituant de véritables mesures de réduction — sous peine de voir la dérogation espèces protégées exposée à une censure du juge administratif.